Pacjent kładziony jest na specjalnym ruchomym stole. Kończyna górna może zostać ułożona w określony sposób i zabezpieczona przed zmianą pozycji. Dookoła barku zostają umieszczone małe cewki, które biorą udział w uzyskiwaniu wysokiej jakości obrazu. Jeśli zaplanowano badanie z podaniem kontrastu, wcześniej pielęgniarka zakłada wenflon w okolicy dłoni lub przedramienia, przez który dożylnie podawany jest środek kontrastowy. Jeśli zaplanowano artrografię, środek kontrastowy wstrzykiwany jest przez lekarza do stawu. Pacjent otrzymuje stopery lub słuchawki do uszu, ponieważ w trakcie badania będzie słyszalny hałas towarzyszący pracy urządzenia, co jest zjawiskiem normalnym. Następnie stół wsuwany jest w głąb aparatu do rezonansu.

Badanie trwa około 15-45 minut w zależności od rozległości ocenianych struktur oraz opcji rezonansu z kontrastem czy bez. Podczas badania nie wolno się poruszać, ponieważ mogłoby to spowodować zaburzenia obniżające jakość pozyskiwanego obrazu.